a. La Asamblea General 
La Asamblea General la conforman todos los miembros ordinarios del Instituto y la preside el Director. La Asamblea deberá reunirse una vez al año y, extraordinariamente, cada vez que lo acuerde el Consejo Directivo o lo solicite, cuando menos, la tercera parte de los miembros de la asamblea.
Son atribuciones de la Asamblea General:
- Elegir al Director, Subdirector, Coordinador de Relaciones Institucionales y Extensión, y a los tres miembros ordinarios que formarán parte del Consejo Directivo del Instituto.
- Pronunciarse sobre la memoria presentada por el Director del Instituto.
b. El Consejo Directivo 
El Consejo Directivo está conformado por:
- El Director, quien lo preside.
- El Subdirector.
- Tres miembros ordinarios elegidos entre los coordinadores de los grupos de investigación o estudio activos al momento de efectuarse las elecciones.
- El Coordinador de Relaciones Institucionales y Extensión.
- Un representante de los Jefes de las Unidades de Servicios Académicos.
- El Jefe del Departamento de Humanidades de la PUCP o su representante.
- Un representante designado por el Vicerrector de Investigación.
En la Actualidad, el Consejo Directivo está integrado por:
Director: Dr. José de la Puente Brunke.
Subdirector: Dr. Carlos Ramos Núñez.
Tres miembros coordinadores de los grupos: Dra. Margarita Guerra Martinière, Dra. Kathia Hanza Bacigalupo y Dr. Eduardo Huarag Alvarez.
Coordinador de Relaciones Institucionales y Extensión: Mag. Rafael Sánchez-Concha Barrios.
Representante de los jefes de Unidad: Dra. Inés del Aguila Ríos.
Jefe de Departamento de Humanidades: Dr. Miguel Giusti Hundskopf.
Vicerrector de Investigación: Dra. Pepi Patrón Costa.
Son atribuciones del Consejo Directivo:
- Aprobar el plan de funcionamiento y la memoria anual;
- Aprobar la incorporación o separación de los miembros del Instituto;
- Establecer las líneas de investigación del Instituto;
- Aprobar los acuerdos con otras instituciones o unidades de la PUCP que el Director o las autoridades de la Universidad propongan;
- Autorizar el funcionamiento y los planes de trabajo de los grupos de investigación o estudio;
- Nombrar a la comisión que se encargará de evaluar periódicamente el trabajo de los grupos de investigación o estudio y decidir sobre su continuidad o disolución de acuerdo con las recomendaciones que esta presente;
- Convocar a un concurso anual para asignar los fondos de investigación que el Instituto administra y seleccionar a los grupos de investigación o estudio ganadores;
- Designar a dos miembros de la Comisión de Publicaciones y aprobar las publicaciones que ésta proponga;
- Nombrar al Secretario Ejecutivo del Instituto, a propuesta del Director, por un periodo de tres años, que podrá ser renovado;
- Aprobar las normas de funcionamiento que regirán la vida académica y administrativa del Instituto.
c. El Comité Ejecutivo 
El Comité Ejecutivo está integrado por:
- El Director.
- El Subdirector.
- Un representante de los Jefes de las Unidades de Servicios Académicos.
- El Secretario Ejecutivo del instituto.
Son atribuciones del Comité Ejecutivo:
- Dirigir la marcha cotidiana del Instituto y resolver asuntos de carácter administrativo
- Ejecutar los acuerdos del Consejo Directivo.
- Efectuar aquello que expresamente le encargue el Consejo Directivo.
d. El Director 
El Director representa al Instituto dentro y fuera de la Pontifica Universidad Católica del Perú. Son atribuciones del Director:
- Convocar y presidir la Asamblea General y las sesiones del Consejo Directivo.
- Presidir el Comité Ejecutivo
- Cumplir y hacer cumplir, en lo que le corresponde, las disposiciones de la Asamblea General y del Consejo Directivo.
- Dirigir y evaluar el desarrollo de las actividades académicas y administrativas del Instituto y de su personal administrativo.
- Presidir la comisión que evaluará los planes de trabajo e informes de actividades de los grupos de investigación o estudio.
- Nombrar a los cuatro miembros adicionales del comité que seleccionará los proyectos ganadores del concurso para asignar los fondos de investigación que el Instituto administra.
- Dirigir la preparación del plan de funcionamiento y de la memoria anual del Instituto y presentarlos a consideración del Consejo Directivo.
- Elaborar la memoria anual de las actividades del Instituto, presentarla a la Asamblea General y elevarla al Rectorado de la Universidad.
- Proponer al Consejo Directivo el nombramiento del Secretario Ejecutivo.
- Fomentar los vínculos académicos con otras entidades del país y del extranjero para lograr los fines del Instituto.
e. El Subdirector 
El Subdirector del Instituto reemplazará al Director en caso de ausencia o indisposición temporal y asumirá todas sus funciones.
El Subdirector preside la Comisión de Publicaciones; es el editor responsable del Boletín del Instituto Riva¬Agüero, BIRA, e integra el comité que seleccionará a los proyectos ganadores del concurso de investigación que el Instituto convocará anualmente.
Para ser Director o Subdirector se requiere ser profesor principal de la PUCP y ser miembro ordinario con una antigüedad no menor de cinco años en el Instituto.
En la actualidad, el Comité ejecutivo está integrado por:
Director: Dr. José de la Puente Brunke.
Subdirector: Dr. Carlos Ramos Núñez.
Secretario Ejecutivo: Profesor Ricardo Ghersi Silva.
Representante de los jefes de las unidades de Servicios Académicos: Dra Inés del Aguila Ríos.
Administración
La Secretaría Ejecutiva se encarga de las funciones administrativas del Instituto y de apoyar las actividades de la Dirección, Subdirección, Unidades de Servicios Académicos y de los grupos de investigación o estudio. El Secretario Ejecutivo participará en el Consejo Directivo y en el Comité Ejecutivo.
Para ser Secretario Ejecutivo del Instituto se requiere tener grado académico y pertenecer a la comunidad universitaria de la PUCP.
Como funciones principales tiene las siguientes:
- Mantener y coordinar las relaciones entre el Instituto y la Administración Central de la Pontificia Universidad Católica del Perú
- Supervisar las acciones de mantenimiento y conservación del patrimonio del Instituto.
- Elaborar y mantener actualizado el inventario de los bienes del Instituto y el informe sobre el estado de conservación de la casa Riva-Agüero.
- Administrar, de acuerdo con las necesidades de los grupos de investigación y estudio y de las Unidades de Servicios Académicos, el uso del local y de los útiles del Instituto.
- Coordinar con la Dirección de Administración de la Universidad, las reglas de control de asistencia y puntualidad del personal.
- Proponer al Director del Instituto, la evaluación y eventual promoción o remoción del personal administrativo y de servicio.
- Tramitar los permisos, licencias y solicitudes, en general, de todo el personal del Instituto, así como establecer el rol de vacaciones.
- Supervisar el cumplimiento de las tareas y obligaciones de todo el personal, así como su buen comportamiento.
- Llevar el archivo de los proyectos de investigación y de los diseños de las exposiciones museológicas.
- Mantener actualizado y depurado el padrón de todas las categorías de miembros del Instituto.
Finalmente, la Secretaría Ejecutiva, en coordinación con la Dirección de Administración de la Pontificia Universidad Católica del Perú, vela por el mantenimiento y conservación de la Casa Riva-Agüero y de las obras de arte que atesora. En la actualidad, el personal que allí labora es:
Secretario Ejecutivo: Ricardo Ghersi Silva
Relaciones institucionales y prensa: Lic. Rita Segovia Rojas
Secretarias: María Isabel Hinostroza Tamayo y Danila Vega Requejo
Asistente administrativo: Alfredo Álvarez Chauca
Auxiliar administrativo: Victoriano Rodríguez Pastor