Colecciones arqueológicas procedentes de investigación
El gran acervo cultural del MAJRC procede de las investigaciones arqueológicas realizadas por el Seminario de Arqueología del Instituto Riva-Agüero (SAIRA), entre los años 1958 y 2005. Las investigaciones se realizaron especialmente en Lima, y en la costa norte y selva sur del Perú.
En Lima se excavaron los sitios arqueológicos de Tablada de Lurín, las huacas del Complejo Pando, Huaca Santa Cruz, Isla San Lorenzo, Puerto Supe, y la Casa O’Higgins. Además, se realizaron prospecciones en los valles del Chillón, Rímac y Lurín, y en Playa León Dormido (Cañete).
En el marco del Proyecto de Investigación para la Obtención de una cronología del uso de recursos marinos del antiguo Perú (entre 1975 a 1978), se realizaron investigaciones en Sechura (Piura), valle de Chao (La Libertad), valle del Santa (Ancash), valle de Huaura (Lima) y Lago Sandoval (Madre de Dios). Este proyecto fue posible económicamente gracias al apoyo de la Fundación Volkswagen, que incluyó además la instalación de un laboratorio de C14 en el campus de la PUCP en 1978.
Colecciones arqueológicas procedentes de donación
La donación de bienes culturales al museo se inicia en la década de 1980, y continúa en la actualidad. Entre las donaciones más numerosas están las de las familias Soldi, Versteylen, Pérez Orbegoso, Sifón-Llanos, Soldi Castellano y Arias-Shreiber. Entre los bienes culturales donados, destacan las cerámicas de las culturas Paracas, Nasca, Chancay y Chimú, y los textiles Paracas, Nasca, Huari y Chancay.
Fondo documental
El fondo documental está conformado por documentos de carácter científico, producto de las investigaciones arqueológicas y museológicas realizadas por el SAIRA y el MAJRC.
Comprende los registros fotográficos y gráficos de las excavaciones y prospecciones en campo, y anotaciones en los cuadernos de campo. Incluye, además, planos, mapas, cartas nacionales y fotografías aéreas, así como los informes técnicos, las primeras publicaciones en el Boletín de Arqueología, y tesis de investigación sobre distintos sitios arqueológicos.